¿Puedo ocultar subpáginas o páginas secundarias?

No. Todo el contenido que no esté visible para el motor de búsqueda, es penalizado. La razón es que los buscadores, como Google, persiguen que el usuario encuentre contenido de calidad cuando realice sus búsquedas. Los visitantes y motores de búsqueda han de poder acceder a las páginas secundarias y, por eso, es mejor que incluyas un enlace a ellos en la página de inicio.